Francisco Bautista ha sido concejal del Partido Popular en dos etapas. Entró en el Pleno municipal como sustituto de Manuel Ríos en 1993 a mitad de mandato. Fue candidato a la alcaldía en el 95 y en el 99. Durante los dos mandatos fue el líder del PP de Alcalá. Tras una etapa de descanso volvió luego a la corporación municipal y estuvo dos mandatos más como edil con María del Carmen Rodríguez Hornillo al frente de la formación: de 2011 a 2015 y de 2015 a 2019.

Su paso por el Ayuntamiento ha dejado una profunda huella en quienes lo  conocieron que valoran en él su capacidad de trabajo y de diálogo, su integridad y la vocación de servicio a su ciudad de Alcalá. Prueba de ello en la presencia en el homenaje de miembros de antiguos equipos de gobierno socialistas con los que le tocó confrontar en su labor de oposición. También de otros partidos que, independientemente de ideologías reconocen el magisterio y la calidad humana de Paco Bautista como político y como persona. En el homenaje estuvieron presentes la ex alcaldesa, Guillermina Navarro, antiguos concejales del Partido Popular, PSOE, Partido Andalucista, Izquierda Unida y Jesica Garrote, concejales de la actual corporación de Ciudadanos, el dirigente popular Juan Bueno, representantes sindicales miembros de entidades sociales, empresarios, su familia y amigos. Todos ellos arroparon a Paco Bautista en un almuerzo homenaje que tuvo lugar en Zambra y que fue una sopresa para él.

Todos los presentes eran por encima de todo, amigos de Paco, a los que movía el impulso de dar las gracias por su labor y por servir de ejemplo como persona pública y como político.